Ikkyu ra đời vào lúc bình minh của ngày đầu của năm 1394. Mặc dù có lời đồn rằng Ikkyu là con trai của vị hoàng đế trẻ Go-Komatsu (1377—1433), vào lúc chào đời cậu bé được ghi vào sổ bộ thường dân. Mẹ của Ikkyu, một phụ nữ chờ việc trong cung đình và được Go-Komatsu yêu chuộng, đã bị sa thải bất công ra khỏi cung điện vì guồng máy của vị hoàng hậu ghen tuông và tay chân bà này. Do vậy, hoàn cảnh ra đời của Ikkyu thì khiêm tốn, mặc dù bản tiểu sử sớm nhất của sư viết rằng ngay cả khi sơ sinh, sư “mang dấu hiệu của một con rồng và dấu ấn của một phượng hoàng.”