Mary Lennox, một cô bé mồ côi, cáu kỉnh, không ai ưa, tới sống tại nhà ông bác ở vùng đồng hoang Yorkshire, nước Anh, nơi có rất nhiều bí mật đang đợi cô. Ban đêm, có tiếng khóc của ai đó từ một hành lang gần phòng cô. Còn ban ngày, cô gặp Dickon, một cậu bé biết thuần dưỡng và nói chuyện cùng loài vật. Rồi một ngày, nhờ sự giúp đỡ của một con chim ức đỏ, Mary khám phá ra một nơi bí ẩn nhất trên thế gian này – Khu vườn bí mật. Mọi thứ dường như đã chết trong khu vườn mười năm qua khóa kín. Cùng với Colin, vị chủ nhân ốm yếu của tiếng khóc bí ẩn kia, và Dickon, cậu bé mà tất cả mọi người đều yêu mến, Mary đã tìm ra những thứ sẽ làm thay đổi cuộc đời cô mãi mãi, khi mùa xuân về đánh thức cả khu vườn tuyệt đẹp.