Sĩ quan thông ngôn Suragana trong những ngày cuối của cuộc Thế chiến đã chán ngấy cuộc đời không phải của mình nên đã đi theo Việt Minh. Trong một năm tham gia cách mạng và về sống tại Trại Ông Đốc, anh lính Nhật đã chứng kiến biết bao nhiêu đổi thay ở vùng đất xa lạ chỉ sau một mùa thu tháng Tám.

Thay vì tái hiện quá chi tiết cuộc đụng đầu giữa một bên là dân tộc mới độc lập và bên kia là quân cướp nước, Con ngựa Mãn Châu dựng lên bức tranh mâu thuẫn xung đột âm ỉ nhưng không kém phần gay gắt khác: Sự tương phản giữa những con người cùng trong một hàng ngũ, cùng một lí tưởng. Đó là sự đối nghịch về lập trường, quan điểm cách mạng khác xa nhau giữa những trí thức với nhau, giữa trí thức với nông dân và sự khác biệt ngay giữa những người lính xuất thân bần hàn.

Bên cạnh câu chuyện lịch sử hào hùng và khúc tình ca về từng hạng người khác nhau nhưng lại chung một giai điệu đầy nhân bản. Dù giàu sang hay thấp hèn, là trí thức hay nông dân, là lính Nhật hay Vệ Quốc quân thì cũng đều được lột tả chi tiết những phần tự nhiên, bản năng vốn có của con người. Họ khao khát yêu thương, ham muốn khoái lạc trần tục để lấp đầy đi nỗi cô đơn, trống vắng của những kiếp đời bất hạnh.